Nach dem verheerenden Grossbrand vom 3. April 1910 musste das gesamte Kollegium inklusive Kirche neu aufgebaut werden. Die Firma Goll aus Luzern erhielt den Auftrag für eine neue Orgel. Das spätromantische, dreimanualige Instrument, als Opus 400 im Jahre 1912 erbaut, wurde mit Taschenladen und einer rein pneumatischen Spiel- und Registertraktur versehen. Die ursprüngliche Disposition und Konzeption entsprachen der deutschen Spätromantik.
Im Zuge der Orgelbewegung wurde das Instrument im Jahre 1954 umgebaut und klanglich verändert. Leider wurden diese Arbeiten unsachgemäss und unsorgfältig ausgeführt. Trotz diesen Eingriffen ist noch viel originale Substanz vorhanden. Dank der hervorragenden Akustik der Kirche ist der eindrückliche Klang dennoch weitgehend erhalten geblieben.
Seit einigen Jahren erscheinen wieder vermehrt die Werke unbekannter Komponisten des 19. Jahrhunderts im Repertoire vieler Organisten. Nachdem diese Musik jahrzehntelang bei Orgellehrern und Experten auf Ablehnung und Missachtung stiess, schöpfen heute wieder viele Organisten aus dem reichhaltigen und immensen Fundus jener Zeit. Im Zeitalter der Orgelbewegung mussten leider viele Orgeln, wie sie zur Interpretation jener Werke notwendig sind, sogenannten barocken Orgeln weichen. Die Intonation barocker Orgeln wird aber dem Klangideal der Romantik in keiner Weise gerecht. Bedauerlicherweise haben nur wenige «Königinnen» diese Phase überdauert.
Da man sich des historischen Wertes dieser Orgeln heutzutage bewusst ist, kann die Wertschätzung unserer Kollegiorgel nicht hoch genug ausfallen, ist sie doch nebst der Orgel in Flawil/SG und der in der Englischen Kirche in Luzern (unspielbar) die letzte III-manualige Goll-Orgel jener Schaffensperiode.
Zudem befindet sie sich noch in einem Raum, dessen wunderbare Akustik schon 1912 nur höchstes Lob erhielt, und mit welchem die Orgel auch optisch eine äusserst gelungene Einheit bildet.
